化石博物館的工程要比礦石博物館還大，〈一〉她必須呈現生物演化的全部過程，年代久遠而且物種範圍廣大。〈二〉她必須具備進化中關鍵過渡性物種的標本，如〈１〉單細胞演化成多細胞。〈２〉無脊椎演化成脊椎動物。〈３〉魚類演化成兩棲類。〈４〉兩棲進化成爬蟲類。〈５〉恐龍進化為鳥類。〈６〉爬蟲進化成哺乳類。〈７〉人類進化過程。這些標本十分稀少，不在市場流通。〈三〉她最好能呈現生物生前的部分風貌，例如完整的個體標本甚至不同年齡層或小族群活動的標本，因此場地要很大。以筆者的認知，在世界各國已經有許多博物館達成這些目標，所需經費均超過數十億美金。因此本館不敢碰這個區塊。
礦石是本館目前四項主題之一，但是可以做得比較完備，主要原因有：〈１〉不求大、不求美，而希望是最可能碰到該礦物時的樣子，如此不但適合教學用途，更可以省９０％的經費。〈２〉有許多朋友的協助〈詳見博物館成立公告〉〈３〉台灣九份金瓜石，已經有很好的環境背景。〈４〉不花時間在相近的礦物。在世界各國網路尋找各類別的礦物。〈５〉運氣很好。加上不用太大的場地，因此我們在幾坪大的空間放了一千多件標本。
化石本館不敢碰，但也收集到化石礦物；〈一〉菊石：碰到海底火山活動，被礦物淹沒。〈向石探紀採購〉。〈二〉貝殼：死亡後沉積了藍鐵礦。〈向晶鎮採購〉。〈三〉琥珀內的昆蟲：這件是大約五千萬年前的非洲琥珀，松柏類樹木流出大量樹脂，因為有甜味及香味，吸引許多昆蟲接近，結果許多都被困進去。是由何三源先生賣給筆者。何先生說：「琥珀內有蜘蛛的很貴，要上萬元。」筆者告訴他：「我的資金不足，而且只是教學用，應該不用那麼好。」，於是何先生挑選了很久，找一塊大的沒有蜘蛛的琥珀半買半送給筆者，筆者不好意思說：「不用這麼大塊。」何先生仍然硬塞給我說：「不！大塊的才看的清楚。」回到家後，我仔細的檢查一下，發現有多種昆蟲叫不出名字，可能絕跡了，也包括一隻不知名的蜘蛛。圖四正面。〈四〉石膏中的昆蟲：這是石探紀莊先生賣給本館的標本，價格好像是８０元還是１２０元。石膏中有昆蟲必然更少。因此運氣好，也是本博物館能順利成立的主因。
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